云醫療結算系統主要是實現農合門診及時報銷結算、參合繳費、就診信息推送、雙向轉診、健康管理、數據采集等功能，通過對接健康一體機，擴展村衛生所醫療衛生服務范圍，解決村民看病難、報銷難、繳費難、服務難的問題，實現政策透明、信息及時、陽光服務的民生工程，切實解決農村醫療衛生的“最后一公里”問題。系統由一套平臺軟件，兩套終端軟件即手機終端軟件和平板終端軟件構成。